Pierwsza historyczna wzmianka o miejscowości, nazywanej Ruth(e), pojawia się w 1222r. w przywileju łowickim. Była jedną z wielu osad ziemi chełmińskiej nadanych przez księcia Konrada Mazowieckiego biskupowi misyjnemu Prus - Chrystianowi. W innych historycznych dokumentach wieś nazywana była Rude, Ruden, Rawden, Rauden, zaś jej nazwa niemiecka brzmiała Königlich Ruda. W dokumentach nowożytnych wieś określana jest używaną obecnie nazwą Ruda. Etymologia nazwy jest czytelna. Jest to nazwa topograficzna określająca miejsce występowania rudy, surowca mineralnego, z którego wytapia się żelazo. Nazwa odnosi się zapewne do rudy żelaza - darniowej lub bagiennej.
W XIVw. wieś miała 28 włók roli, była właśnością Zakonu Krzyżackiego i należała do komtura grudziądzkiego.Stała w niej karczma oraz młyn, znajdujący się w posiadaniu Konrada z Paczkowa. W 1336r. komtur grudziądzki Zygmunt von Schwarzburg nadał młyn Piotrowi in Acie, który nabył go od wdowy po Konradzie i jego synów. Nowy nabywca nie zapłacił i na posiadłość nałożono areszt. Na prośbę wdowy po Piotrze, popartej przez proboszcza grudziądzkiego, po częściowej zapłacie 12 grzywien pozostawiono jej młyn z zagrodą z prawem dziedziczenia. Otrzymane przywileje to: wolny wyrąb drzewa w lesie w granicach Rudy, zakazanie polskim młynarzom tamowania biegu wody, nie wolno było też budować drugiego młyna w pobliżu. Wdowa została zobowiązana do płacenia 4 grzywien i dostarczania 15 kur (na św. Marcina) do zamku w Grudziądzu.
W XVw. wieś nadal stanowiła własność Zakonu w komturstwie grudziądzkim. Podczas tzw. wojny głodowej w 1414r. poniosła szkody wynoszące 450 grzywien. Krzyżacy dali wsi odszkodowanie w wysokości 200 grzywien.
W 1438r. Ruda była majątkiem o powierzchni 27,5 łanów, z którego dawano czynszu po 15, 16 lub 14 skojców i 4 kury z łanu. Sołtys posiadał 1 łan zwolniony od powinności. Karczmarz płacił 4 grzywny czynszu, a młynarz 4 grzywny i 15 kur. Wspólnota wsi oddawała 1,5 grzywny za łąki, a jeden zagrodnik 4 skojce i 4 kury.
Po zakończeniu wojny trzynastoletniej (1454-1466) Ruda, jak i inne posiadłości Zakonu, została własnością królewską. Wieś należała do starostwa grudziądzkiego.
W 1499r. we wsi było dwóch karczmarzy: Tomasz i Stencel, sołtysem był Steffen, ławnikami byli Kasper i Piotr.
W 1565r. Ruda zajmowała powierzchnię 33,5 łana, z których 3,5 trzymał sołtys, 8 łanów było opustoszałych, a 22 łany były użytkowane przez 8 chłopów. We wsi był 1 karczmarz, 1 zagrodnik i młyn o jednym kole. W 1570r. wieś zajmowała już tylko 26 łanów, była w niej karczma z wyszynkiem gorzałki, 8 zagrodników, młyn o jednym kole, 3 rzemieślników, 1 komornica i 1 luźny. W 1591r. właścicielem młyna był Walenty Lis, na co miał przywilej króla Stefana Batorego z 1576r.
Po wyniszczającym najeździe szwedzkim (1655-1660) w zapisie z 1664r. odnotowano, że we wsi brakło zabudowań, karczmarz miał pod uprawę tylko 3 morgi, sołectwo obejmowało 4 łany, a reszta, czyli 25 łanów, leżała odłogiem. Istniał jeszcze tylko młyn, który posiadał Jan Bogusz.
Z zapisów wizytacji diecezji chełmińskiej z 1667r. wiadomo, że we wsi było 7 włościan. Dwór nazywał się Ruda Szlachecka i dawał mesznego 1 korzec żyta i tyle samo owsa.
W 1670r. król Michał Korybut Wiśniowiecki nadał spustoszoną karczmę, 3 włóki roli i 40 mórg łąk (zwanych Bienduga) Tomaszowi Kierszkowicowi za 40 florenów rocznego czynszu (po 4 latach użytkowania). Później Maciej Kierszkowicz, zapewne potomek Tomasza, nabył także młyn i wolne sołectwo (sołectwo wcześniej było w posiadaniu wdowy Katarzyny Scholl). Po nim dzierżawili ten majątek Jakub i Anna Kierszkowicz, a w 1765r. Marcin Kierszkowicz. W czasie zaborów do Wojciecha Kierszkowicza należało łącznie 8 łanów i 18 morgów ziemi, a po nim majątek podzielony został między trójkę jego dzieci.
Według Johanna Friedricha Goldbecka (Topografia Królestwa Pruskiego) w 1789r. w Rudzie były 3 wolne sołectwa (lemaństwa) i młyn, razem 20 dymów.
W 1837r. dziedzic z Rządza Hooft nadał 12 zagrodnikom 54 morgi ziemi w zamian za rentę w kwocie 86 talarów i 15 srebrnych groszy.
W 1868r. w Rudzie było 55 budynków, w tym 25 domów mieszkalnych, zamieszkanych przez 172 osoby (136 ewangelików i 36 katolików). Wieś miała powierzchnię 104 hektarów. W 1885r. były 23 domy mieszkalne (29 dymów) ze 119 mieszkańcami (94 ewangelików i 25 katolików). Na miejscu była ewangelicka szkoła, w której w 1887r. uczyło się 81 dzieci (uczył je jeden nauczyciel).
Oprócz Rudy obok położona była wieś Ruda Szlachecka, która w 1885r. razem z folwarkami Średnią Rudą i Górną Rudą obejmowała 440 hektarów ziemi, z czego 354 hektary było gruntami ornymi. Żyło tam wówczas 211 mieszkańców.